если у вас оочень тонкая верстка, тогда могут быть проблемы с совестимостью - но в большинстве случаев, это разные отступы и в крайних случаях при блочной верстке - съезд блоков

а при табличной верстке - так и вообще вопросы совместимости очень небольшие

на счет кодировок - дело не в тегах, а только в кодировке которая указана в заголовке документа который отдает сервер и кодировке самого файла
кодировка которую выдает сервер зависит от многих причин: кодировка указанная в meta, кодировка указанная в htaccess, кодировка указанная в header если это php файл, кодировка которая указана по-умолчанию для веб-сервера, а также кодировка символов включаемых файлов или данных из баз данных или из XML файлов

поэтому думаю проблем нет никаких
надо просто грамотно разобраться со своим кодом

Нет. Возможно, что причина другая. Виндовые документы с кириллицей (такие, как записи в блокноте) не корректно отображаются в линуксе (крякозябры). Сам с этим столкнулся.
Не помню где и как нужно попасть в консоль с настройками кодировок, добавить там, если не изменяет память, cp1251 и поставить ее в самый верх списка. Линукса нет, и поиск мне не особо помог (виндовый текст в линуксе). Отписал другу в оффлайн. Он в первый раз помог. Может и в этот раз вспомнит как делал (или тему найдет).
Может быть в этом проблема будет.

Замечание модератора: Эта тема была закрыта автоматически ввиду отсутствия активности в ней на протяжении 100+ дней. Если Вы считаете ее актуальной и хотите оставить сообщение, то воспользуйтесь кнопкой или обратитесь к любому из модераторов.