Влияние БИТРИКС на оптимизацию

Прошу помощи: у меня в работе сайт на битриксе, но прошлый программист, который работал до меня, наворотил там невероятных вещей! Папки дублируются, половина страниц сохранено в формате html, а остальные в php. От этого идет проблема: не могу поставить заглушку 404 ошибки, потому что заглушка начинает работать не только на несуществующей странице, но и на тех, которые прописаны в html.

Я вижу решение проблемы так: всё переделать как надо в php и отладить движок, но тут очевидный риск того, что позиции сайта в поисковиках слетят, а этого допускать нежелательно, потому что сайт давно продвигается и мы как раз двигаем те страницы, которые прописаны в html.

Как быть? Что делать? Кто с таким сталкивался?

И еще самый главный вопрос: могут ли эти косяки в сайте влиять на продвижение, тормозить процесс?

1. На продвижение это влияет.
2. Необходимо убрать дубли страниц. Это недопустимо в продвижении.
3. Стоит свести страницы к единому формату (преимущественно html)
4. Если позиции сайта хорошие, то лучше ничего не трогать до лучших времен.

Ну, и нужно понимать, приносят ли вашему сайту клиентов эти позиции.

Насколько я знаю, в Битриксе формат страниц - php стандартный, да и создано там очень много станиц в php, помимо тех, что продвигаем.
Есть ли какой-нибудь вариант перевести продвигаемые страницы из html в php без потери позиций?

И вообще, какой формат все-таки лучше для продвижения? html или php?

Ну, вы поймите, что раньше у вас был 1 адрес, потом стал другой. Это как смена номера телефона. Все, кто вам захочет дозвониться - не дозвонится по старому номеру, если вы не установите переадресацию.
В вашем случае нужно будет ставить 301 редирект. Но я все же настоятельно рекомендую не трогать продвигаемые страницы до тех пор, пока у вас хорошие позиции. Когда наступит момент, что позиции начнут падать, тогда это можно будет совместить. Пользователю в принципе все равно какой у вас формат страницы, главное чтобы информация ценная была. А поисковая система не сильно на вас будет ругаться :)